Οι παθήσεις που μπορεί να εμφανιστούν στη στοματική κοιλότητα αφορούν παθήσεις των δοντιών, των περιοδοντικών ιστών, αλλά και των βλεννογόνων, των οστών των γνάθων και των σιελογόνων αδένων. Αυτές μπορεί να αφορούν συνήθη νοσήματα όπως η τερηδόνα, η ουλίτιδα, οι άφθες, τραυματικά έλκη, κ.ά αλλά και πιο σπάνιες παθολογικές οντότητες όπως η ατελής αδαμαντινογένεση, η ινώδης υπερπλασία των ούλων, ο σπίλος κ.α.

Οι στοματολογικές παθήσεις στα παιδιά ή αλλιώς οι παθήσεις των μαλακών μορίων και των οστών των γνάθων στην συντριπτική πλειοψηφία τους είναι καλοήθεις.

Οι πιο συχνές παθήσεις των μαλακών μορίων είναι οι άφθες, η ερπητική ουλοστοματίτιδα, η βλεννώδης κύστη κ.ά. Κάποιες από αυτές είναι επώδυνες, ενώ κάποιες άλλες όχι. Σε κάθε περίπτωση, βέβαια, πρέπει να γίνει σωστή διάγνωση και αντιμετώπιση.